1989年，日本。乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦

江户时代末期，被称为“天人”的谜之异星人来袭。于是地球人与天人之间的战争瞬即爆发，为数众多的武士和攘夷派志士都参与与天人的战斗。幕府见识到天人强大的实力后，最终向天人低头，放弃武士不管，擅自与天人签订

连接异次元和现世界的通道“门”突然出现的十来年后，世界上出现觉醒了超能力被称为“猎人”之人。猎人使用力量以攻占门内的地下城并获得报酬为生，但在强者齐聚的猎人们中，“水篠旬”作为被称为人类最弱兵器的低等

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